真・群青戦記の冒頭で、"3年前に滋賀の高校が忽然と消えて敷地にぽっかりと穴が開いている"ということが語られていたことから、長野の拘置所がタイムスリップする前までは間違いなく群青戦記と同じ世界線であり陸続きの世界。
ここで思い出したいのが、初代群青戦記の世界線では真田（信之）が未来人になることや真田十勇士に未来人が含まれていること、北条軍vs真田軍の戦といった出来事は起こっていないということ。
しかし、拘置所がタイムスリップしたことでこれらの新たな歴史が生まれたことになる。加えて、現世に帰った一週目の不破瑠衣が再び戦国時代に訪れ、2人が安土城で密会を行っているという出来事も初代群青では起こっていない。つまり、拘置所＆不破くんが訪れない初代群青の世界線と、拘置所＆不破くんが訪れた場合の世界線が誕生したということになる。
これらは、不破くんの作中でのセリフ『この座標時"は"、不破瑠衣という人間が2人いる』というセリフに繋がり、初代群青では起こらなかった出来事が起きる新たな座標時が誕生してしまったのではないかな、と…（座標時って呼び方いいですね…）
当然、拘置所のタイムスリップがなかった場合には初代群青戦記の世界線のみとなるわけです。
更には
・初代群青戦記の不破瑠衣が帰った世界線
・真・群青戦記の一週目の不破瑠衣が帰った世界線
の2つが今現在確実にあって、一週目の不破くんが次にどう動くかでまた新たな世界線が誕生してパラレルワールドが続々誕生することも考えれるはずで。
帰る現生の時間軸によるけど、例えば真・群青戦記の一週目の不破くんが帰った現世で既に長野の拘置所がタイムスリップしていたらあの拘置所には入所出来ないし、拘置所がタイムスリップする前の時間軸に帰った場合に再び同じように入所するのか？とか色んなパターンが考えられる。
不破くんの『ここ（拘置所）を選んで良かった』という言葉から、恐らく日本の各所にタイムスリップ出来るポイントがあるみたいで、逆に不破くんが選べば自動的にその建物がタイムスリップする可能性も考えられるしで、様々な可能性が無限に広がっているのではないかな。
パラレルワールドの群青戦記がいくつかあるんだと思います。